Dinamik domain protein memainkan peranan penting dalam pelbagai proses pengecaman dan isyarat molekul. Domain protein yang disambungkan oleh domain penghubung fleksibel yang tidak teratur secara intrinsik, mendorong alosteri jarak jauh melalui dinamik domain protein. Mod dinamik yang terhasil tidak boleh diramalkan secara amnya daripada struktur statik sama ada keseluruhan protein atau domain individu. Walau bagaimanapun, mereka boleh disimpulkan dengan membandingkan struktur protein yang berbeza (seperti dalam Pangkalan Data Gerakan Molekul). Ia juga boleh dicadangkan dengan pensampelan dalam trajektori dinamik molekul yang luas[45] dan analisis komponen utama,[46] atau ia boleh diperhatikan secara langsung menggunakan spektrum[47][48] diukur dengan spektroskopi gema putaran neutron.